Quần thể Di tích và danh thắng Yên Tử có tọa độ trung tâm từ 21005’ đến 21009’ vĩ độ Bắc và 106043’ đến 106045’ kinh độ Đông, phân bố ở địa bàn 03 tỉnh: Quảng Ninh, Bắc Giang và Hải Dương. Nhìn tổng thể, khu di sản đề cử nằm trong vùng núi cao Yên Tử, thuộc cánh cung Đông Triều với độ cao trung bình trên 600m, đỉnh cao nhất là ngọn núi Yên Tử có độ cao 1.068m so với mực nước biển. Cánh cung Đông Triều được xem là “phên dậu” phía Đông Bắc của Việt Nam. Vùng núi này không chỉ là một thắng cảnh thiên nhiên, nơi bảo tồn nhiều giống loài động, thực vật mà còn là quê hương của Vương triều nhà Trần trong lịch sử, là “Đất tổ Phật giáo Trúc Lâm Việt Nam”.

Tại đây, nhiều di tích lịch sử, văn hóa vẫn đang được bảo tồn. Từ xưa các tín đồ đạo Phật Việt Nam đã đến Yên Tử dựng am cỏ cầu kinh niệm Phật. Từ trước Công nguyên, đạo sĩ An Kỳ Sinh (Yên Kỳ Sinh) đã đến nơi đây tu hành và đắc đạo. Những năm sau đó, nhiều thế hệ tăng ni phật tử Việt Nam tiếp tục tìm đến Yên Tử tu hành, xây dựng chùa, tháp và nhiều công trình khác.

Đặc biệt, từ thời Trần (1226 - 1400), Yên Tử đã được đầu tư xây dựng thành khu Quần thể kiến trúc chùa, tháp có quy mô to lớn. Khởi đầu là Trần Cảnh (vua Trần Thái Tông) đến Yên Tử tháng 4 năm Bính Thân (1236). Sau đó, Trần Nhân Tông (Trần Khâm) - vị vua của hai cuộc kháng chiến đại thắng quân Nguyên - Mông vào năm 1285 và 1288. Nhưng vào lúc triều đại nhà Trần đang hưng thịnh, Trần Nhân Tông đã nhường ngôi cho con để chuyên tâm nghiên cứu đạo Phật và tìm đến Yên Tử tu hành.

Năm 1299, Trần Nhân Tông đã chính thức thành lập nên Thiền phái Trúc Lâm Yên Tử bằng cả một hệ thống lý thuyết và hành động gắn đạo với đời. Ông được coi là vị Sư Tổ thứ nhất của Thiền phái Trúc Lâm Yên Tử mang Phật danh Điều Ngự Giác Hoàng. Kế tục sự nghiệp của ông là Sư Tổ Pháp Loa và Huyền Quang Tôn Giả. Cả ba vị được gọi là Trúc Lâm Tam Tổ. Từ đó, Yên Tử trở thành kinh đô tư tưởng của Phật phái Trúc Lâm, đánh dấu sự phát triển triết học và tư tưởng của dân tộc Việt Nam trong các thế kỷ 13 và 14. Gắn liền với lịch sử phát triển dòng thiền Trúc Lâm tại Yên Tử là việc xây dựng và hình thành một quần thể các công trình kiến trúc gồm nhiều chùa và hàng trăm am, tháp, mộ, bia, tượng. Quần thể kiến trúc này được đặt trong một tổng thể cảnh quan hùng vĩ, trải dài hàng chục km tạo thành Quần thể di tích và danh thắng Yên Tử.

Quần thể di tích và danh thắng Yên Tử là nơi hình thành, ra đời và phát triển của Trung tâm Phật giáo Thiền Tông thuần Việt, do người Việt trực tiếp sáng lập ra. Là nơi hội tụ của các công trình kiến trúc cổ kính do các Tăng, Ni, Phật tử và triều đình phong kiến của các thời Lý, Trần, Lê, Nguyễn kế tiếp nhau xây dựng, tu bổ và tôn tạo. Những công trình này đã phản ánh khá rõ nét sự phát triển của kiến trúc, mỹ thuật, điêu khắc, tiêu biểu cho tài năng sáng tạo nghệ thuật của dân tộc Việt Nam. Đây là một quần thể di tích rất lớn và ra đời sớm ở Việt Nam.

Có thể nhận thấy tầm quan trọng của Quần thể di tích và danh thắng Yên Tử thông qua việc Chính phủ Việt Nam đã nhận diện, xếp hạng hàng loạt các di tích, danh lam thắng cảnh trong khu di sản ở cấp tỉnh, cấp quốc gia và cấp quốc gia đặc biệt, với đầy đủ bốn loại hình di tích, danh lam thắng cảnh, bao gồm: các di tích lịch sử; các di tích kiến trúc - nghệ thuật; các di tích khảo cổ; các địa điểm danh lam thắng cảnh.